L’Autorité palestinienne a jugé l’accord de paix Israël-Bahreïn comme une nouvelle trahison reçue par un pays arabe. Le Ministre des affaires sociales de l’Autorité palestinienne, Ahmad Majdalani, a qualifié cet accord de « coup de couteau dans le dos à la population et à la cause palestiniennes » et, comme l’a rapporté le Ministère des affaires étrangères de l’Autorité, l’ambassadeur palestinien à Manama, a été immédiatement rappelé pour des consultations.
Le porte-parole du Hamas, l’organisation qui contrôle la bande de Gaza, Hazem Qassem, a considéré la normalisation des relations de Bahreïn avec Israël « une agression » susceptible de nuire gravement à la cause palestinienne. L’Organisation de libération de la Palestine (OLP) de sa base de Ramallah, a également qualifié cette décision d’acte de trahison. Les Palestiniens craignent que les décisions prises par Manama et Abu Dhabi puissent affaiblir la position du monde arabe qui a toujours exigé qu’Israël se retire des territoires occupés et reconnaisse la Palestine comme un État indépendant.